基因總覽
ADGRG6 是蛋白質編碼基因,產物 adhesion G protein-coupled receptor G6 屬於 G protein-coupled receptor 2 家族中的 adhesion G protein-coupled receptor(ADGR)亞家族。它是多次穿膜受體,具有大型細胞外區域與細胞內區域;蛋白質中可辨識 CUB、Pentraxin(PTX)及 GAIN-B 結構域,並含有 GPS 區域與 Stachel 區段。這些結構特色使它兼具細胞外訊息接收與跨膜訊號傳遞的架構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000367609 ★ | 142,302,007–142,446,261 | 25 |
| ENST00000230173 | 142,301,502–142,447,264 | 26 |
| ENST00000367608 | 142,301,502–142,447,264 | 24 |
| ENST00000296932 | 142,301,502–142,447,264 | 25 |
| ENST00000968517 | 142,301,502–142,446,260 | 26 |
| ENST00000968518 | 142,301,502–142,447,264 | 24 |
| ENST00001042393 | 142,301,502–142,447,264 | 25 |
| ENST00001108355 | 142,301,502–142,405,652 | 14 |
| ENST00001108356 | 142,301,502–142,394,690 | 8 |
| ENST00001108357 | 142,301,502–142,394,405 | 9 |
| ENST00001108359 | 142,301,502–142,394,023 | 8 |
| ENST00001120004 | 142,301,502–142,377,891 | 5 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ADGRG6 是類固醇激素受體,可辨識 progesterone 與 17alpha-hydroxyprogesterone(17OHP)。配體結合會引起受體構形改變,進而啟動 G protein 訊號並調節下游效應因子,例如 adenylate cyclase。ADGRG6 可與 G(i) G alpha proteins 偶聯並抑制 adenylate cyclase,也能與 G(q) G proteins 偶聯;來源未進一步說明兩種偶聯在不同條件下的分工。
在周邊神經系統中,ADGRG6 是髓鞘形成所需因子,對促髓鞘化 Schwann 細胞的分化及軸突正常髓鞘化具有必要作用。這些結果指出,受體訊號與 Schwann 細胞成熟及神經纖維髓鞘包覆有關。來源亦指出 ADGRG6 涉及髓鞘形成以外的多種生物過程,包括萌芽性血管新生,以及胎盤、耳與軟骨發育;這些關聯標示為相似性推論,應視為推定功能。
此外,ADGRG6 參與調節身體長度與骨量。它也被描述為中樞神經系統血腦障壁形成的調節因子,並與 LRP1 和 ITGB1 的關聯有關;此項功能同樣屬於相似性推論。整體而言,來源支持 ADGRG6 透過 G protein 訊號參與多種生理過程,但各過程的詳細分子機制並未在此資料中完整交代。
Promoter 與基因調控
>ADGRG6 ENST00000367609 GRCh38 chr6:142301007-142302107 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGGCACTTCTGTGTATGGCCTGTGCATGTGCCAGTGTGTACACCGTGCAAGCTGAGCTGTTGAGGTTCTG GATGTGCATACAGCCCTGGCACCGGAAGGTTTGCCTCTAGCATTTTGTGGACTAACTCTGGCAGTACACA ATGGGAAGAAAACCTCTTTCCAAGTGTGAGCCCTTCTCTCTTCTCATTCCCAAGGAGGTGTGTCCAGATC CCTTTGCCAGACAGCTACTTTACAGGAGCATTGGAGAGCAGGCAGCTAACTTTCCCCAACAAGCAGCTGG ATTTACGTTGGCAAATCAATCCCTCTCAATAAAATGTTATGTGACCATCTTCCCAGCCCCCCGTTAAAAT CCCTTCATTTTTTCGAGCAAGCGAACTAGTCAGAGAAGACAGAAAAGTTAAGTAAAGAAAGTGGCAGAAA AGTGAAGCAAAGCAACAGCCCGGGAGCGTGGCGGGGGGACCCGCGCGGGGACTCGGGTAGGCTGCAAACG CTGGGGAGATGCCACAGGAGCGCCTGCCTTCCCAGCTTCTCCTTTCTCTCGCCGAGGGTCTCTGGGGTTC AGCGCTCCCGGCGTTTCGGCGACCTCCGGGTCCGCCCTGTCCCCTCCCAGCTGGGGAGCTGAGCCCGGCT CTGCGCCCATCGCCGACCCCGGCCACTCTCCCTTCGCTGCTCGCTCCAAAAGCGCCTGTCCCGCCCCGCG GGGCGACTTCTCCCTTTCGGCCCTGGGGTTGAAGATCCTGTGTGGGGCAGCTGCGCCTTCGGGACAGCCC CAGCCGCGGAGCGCCCAGACCAGGGCAGCCGGAGTCGGGTCATACGCCGCACGCCGCCGGGGCCGCCGCA CCTGAGCCCAGCTCCAGTCACGCCGGAAGCGCGGGCGGAGCGCACGGGTCCGGGGAGAGTCGCCTGCGCC CGCGAGGGGGACCCAAGTACCTAGGGTGGTGGCCGAGTCCCGCCTCCCGCCAGCGGGGGCGAGGACCTGC GACGCGCACCCCTGCCTGGCCCGGTCTCCTCAGCACCAGCCCCACGCACACCCTACTTCCTCAGCTTCTC GCCCTCACCCTGCCAACTTCCCTGCGAGGAGGGACCTGCCGCCAGCCTGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ADGRG6_2 ↗ | 6:142,301,862 | 正股 | 142,301,813–142,301,872 |
| ADGRG6_1 ↗ | 6:142,302,009 | 正股 | 142,301,960–142,302,019 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_B338H6 · enhancer · 142298027–142298850 · regulatory
ENSR6_944GZZ · promoter · 142300536–142301036 · regulatory
ENSR6_B338HL · promoter · 142301364–142302017 · regulatory
ENSR6_944H2F · enhancer · 142302018–142302432 · regulatory
ENSR6_944H2J · promoter · 142302433–142302933 · regulatory
ENSR6_538GPDG · CTCF_binding_site · 142303047–142303068 · regulatory
ENSR6_866Z5J · enhancer · 142306806–142307037 · regulatory
· motif · 142301868–142301877 · motif
· motif · 142302626–142302635 · motif
· motif · 142302626–142302635 · motif
· motif · 142303049–142303065 · motif
在原代臍靜脈中,ADGRG6 表現會受到細菌脂多醣(LPS)與 thrombin 上調;其他受測發炎刺激則未造成相同的上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1221 aa
adhesion G protein-coupled receptor G6 長 1,221 個胺基酸,具有大型細胞外區域及七個跨膜螺旋,並帶有 CUB、Pentraxin(PTX)與 GAIN-B 結構域。其 GPS 區域位於 GAIN-B 附近,Stachel 區段則位於 GPS 區域內側;另有一段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ADGRG6 是多次穿膜蛋白,定位於細胞膜。 臍靜脈細胞的觀察顯示,它可在活化細胞表面偵測到,但在靜止細胞表面未偵測到,提示其表面定位與細胞活化狀態有關。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ADGRG6 經蛋白水解加工形成兩條鏈;大型細胞外 N 端片段與膜結合的 C 端片段通常仍以非共價方式結合。Laminin-2 可與受體互作並使其維持非活化狀態;Laminin-2 聚合可能促進 ADGRG6-NTF 移除,讓 tethered agonist 暴露並推動髓鞘形成。來源亦記載 ADGRG6 與 PRNP、ITGB1 及 LRP1 互作,但未在此處說明其結合方式或功能後果。
疾病與遺傳關聯
ADGRG6 相關變異可造成 lethal congenital contracture syndrome 9(LCCS9),這是一種體染色體隱性遺傳疾病。其特徵包括前角神經元退化、嚴重骨骼肌萎縮,以及先天且非進行性的關節攣縮;攣縮可能影響上肢、下肢和/或脊柱,出生時即可造成不同程度的屈曲或伸展受限。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ADGRG6 是可辨識 progesterone 與 17alpha-hydroxyprogesterone(17OHP)的 adhesion G protein-coupled receptor。配體結合會引發構形改變並啟動 G protein 訊號,可調節 adenylate cyclase;受體可與 G(i) G alpha proteins 偶聯並抑制該酵素,也能與 G(q) G proteins 偶聯。它對促髓鞘化 Schwann 細胞分化及軸突正常髓鞘化具有必要作用;另涉及多種發育過程、身體長度、骨量及血腦障壁形成,其中部分功能屬相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adhesion G protein-coupled receptor (aGPCR) for steroid hormones, such as progesterone and 17alpha-hydroxyprogesterone (17OHP). Involved in many biological processes, such as myelination, sprouting angiogenesis, placenta, ear and cartilage development (By similarity). Ligand binding causes a conformation change that triggers signaling via guanine nucleotide-binding proteins (G proteins) and modulates the activity of downstream effectors, such as adenylate cyclase. ADGRG6 is coupled to G(i) G alpha proteins and mediates inhibition of adenylate cyclase. Also able to couple to G(q) G proteins. Involved in myelination of the peripheral nervous system: required for differentiation of promyelinating Schwann cells and for normal myelination of axons. Also acts as a regulator of body length and bone mass. Acts as a regulator of blood-brain barrier formation in the central nervous system vie its association with LRP1 and ITGB1 (By similarity) PMID 18391950 ↗ · PMID 24227709 ↗ · PMID 35394864 ↗ · PMID 39884271 ↗ |
| 交互作用 | ADGRG6 經蛋白水解加工形成兩條鏈,細胞外 N 端片段與膜結合 C 端片段通常仍非共價結合。Laminin-2 與受體互作可穩定其非活化狀態;Laminin-2 聚合可能促進 ADGRG6-NTF 移除,使 tethered agonist 暴露並推動髓鞘形成。來源另記載其與 PRNP、ITGB1 及 LRP1 互作,但未提供這些互作的具體功能說明。 | 推論支持 | 證據與來源Heterodimer of 2 chains generated by proteolytic processing; the large extracellular N-terminal fragment and the membrane-bound C-terminal fragment predominantly remain associated and non-covalently linked (By similarity). Interacts with Laminin-2; this interaction stabilizes the receptor in an inactive state (By similarity). Laminin-2 polymerization could facilitate ADGRG6-NTF removal, thereby exposing the tethered agonist to drive myelination (By similarity). Interacts with PRNP (By similarity). Interacts with ITGB1 (By similarity). Interacts with LRP1 (By similarity) |
| 細胞定位 | ADGRG6 是多次穿膜蛋白,位於細胞膜。在臍靜脈細胞中,它可於活化細胞表面偵測到,但在靜止細胞表面未偵測到,顯示表面偵測結果與細胞活化狀態不同。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Detected on the cell surface of activated but not resting umbilical vein PMID 15189448 ↗ · PMID 15225624 ↗ · PMID 24227709 ↗ · PMID 31924782 ↗ |
| 調控 | 在原代臍靜脈中,細菌脂多醣(LPS)與 thrombin 會使 ADGRG6 上調;其他發炎刺激則未造成上調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated by bacterial lipopolysaccharides (LPS) and thrombin, but not by other inflammatory stimuli in primary umbilical veins PMID 15225624 ↗ |
| 疾病關聯 | ADGRG6 相關變異會造成 lethal congenital contracture syndrome 9(LCCS9),一種體染色體隱性疾病。其表現包括前角神經元退化、嚴重骨骼肌萎縮與先天非進行性關節攣縮;攣縮可影響上肢、下肢和/或脊柱,並於出生時造成程度不一的屈曲或伸展受限。 | 含實驗來源 | 證據與來源Lethal congenital contracture syndrome 9 LCCS9 A form of lethal congenital contracture syndrome, an autosomal recessive disorder characterized by degeneration of anterior horn neurons, extreme skeletal muscle atrophy and congenital non-progressive joint contractures. The contractures can involve the upper or lower limbs and/or the vertebral column, leading to various degrees of flexion or extension limitations evident at birth. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 616503 PMID 26004201 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCGGTCTCCTCAGCACCAGCCCCACGCACACCCTACTTCC40TCAGCTTCTCGCCCTCACCCTGCCAACTTCCCTGCGAGGA80GGGACCTGCCGCCAGCCTGCTTCCTCGTCCGCAGGCCCTG120CGCTGAACGCTGCCGCGCCCAGGGTTCACCTTGCGCCGTC160GGGAAAGCCCATGAACTCTCCAGAAACGGCGTAAAGGAGG200GTCCCGCCGCGGCGCAGGGCTGGGGCGCCTGGGTTCCCCC240TGGGTGGAGCAGCGGCAGCAGAGCGGGAAAGTGGTGGAGG280ATGATCTTGCGGCCAAAGGGGACCTCGGCGCAGTAATGTC320AACATGATGTTTCGCTCAGATCGAATGTGGAGCTGCCATT360GGAAATGGAAGCCCAGTCCTCTCCTGTTCTTATTTGCTTT400ATATATCATGTGTGTTCCTCACTCAGTGTGGGGATGTGCC440AACTGCCGAGTGGTTTTGTCCAACCCTTCTGGGACCTTTA480CTTCTCCATGCTACCCTAACGACTACCCAAACAGCCAGGC520TTGCATGTGGACGCTCCGAGCCCCCACCGGTTATATCATT560CAGATAACATTTAACGACTTTGACATTGAAGAAGCTCCCA600ATTGCATTTATGACTCATTATCCCTTGATAATGGAGAGAG640CCAGACTAAATTTTGTGGAGCAACTGCCAAAGGCCTATCA680TTTAACTCAAGTGCGAATGAGATGCATGTGTCCTTTTCAA720GTGACTTTAGCATCCAGAAGAAAGGTTTCAATGCCAGCTA760CATCAGAGTTGCCGTGTCCTTAAGGAATCAAAAGGTCATT800TTACCCCAGACATCAGATGCTTACCAGGTATCTGTTGCAA840AAAGCATCTCTATTCCAGAGCTCAGTGCTTTCACACTCTG880CTTTGAAGCAACCAAAGTTGGCCATGAAGACAGTGATTGG920ACAGCTTTCTCCTACTCAAATGCATCCTTCACACAATTGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。